1990 : Sur un air de polémique
Prost parti chez Ferrari en 1990, la lutte reprit de plus belle entre les deux hommes et aboutit sur un nouvel accrochage, toujours à Suzuka. Senna est irrité que l’auteur de la pole position soit placé sur le côté poussiéreux de la piste (conformément au marquage au sol du circuit de Suzuka à cette époque). Refusant de laisser la pole à Prost pour être sur la partie propre de la piste, Senna joue le jeu aux essais qualificatifs et signe le meilleur temps devant le Français.
À l’époque Senna prétendra avoir rencontré les officiels du circuit de Suzuka avec Gerhard Berger et avoir reçu la confirmation que la pole serait changée de côté. Mais cela n’a jamais été confirmé. Dès lors le scénario tant redouté se produit : au départ, Senna patine et voit Prost profiter de la trajectoire remplie de gomme pour s’envoler en tête. Senna éperonne alors volontairement Prost à l’abord du premier virage, à haute vitesse, s’octroyant ainsi son deuxième titre mondial.
Simple revanche de l’accrochage de 1989 pour les uns, manœuvre folle et antisportive pour les autres, l’accrochage de 1990 acheva de faire de Senna l’un des pilotes les plus controversés de son temps. Senna reconnut lui-même publiquement l’année suivante avoir provoqué volontairement cet accident en critiquant sévèrement l’action de l’ancien président français de la FIA, Jean-Marie Balestre, qu’il accusait implicitement de jouer en faveur d’Alain Prost.
Malgré le fait qu’il admette aujourd’hui avoir compris que ce geste de Senna n’était pas vraiment tourné contre lui mais contre la fédération, Alain Prost considère que cet accrochage est la seule chose qu’il ne peut pas pardonner. Car même si l’angle de contact et le large dégagement de gravier ont fait que les deux pilotes n’ont rien eu, ils auraient pu se blesser gravement. Pour des pilotes qui ont vu plusieurs de leurs copains du paddock se tuer, comme Jackie Stewart avec Clark, Rindt et François Cevert, ce geste de Senna reste à jamais incompréhensible.
1991 : La confirmation
La saison 1991 débute de manière parfaite pour Senna. Quatre Grand Prix, quatre pole positions, quatre victoires, et vingt-neuf points d’avance sur Prost, qui ne sera pas son principal rival cette année. Parmi ces quatre victoires, la plus marquante étant son succès au Brésil à Interlagos, le premier devant son public et alors que sa McLaren avait une boite de vitesse à l’agonie. Senna sera à la limite de la tétanie physique à l’arrivée du Grand Prix et soulèvera son trophée avec les plus grandes difficultés.
La montée en puissance des Williams-Renault va rendre le troisième titre mondial du Brésilien assez long à se dessiner. À mi-saison, Nigel Mansell est distancé de dix-huit points mais aligne plusieurs victoires. Il en rate une au Canada à cause d’une gaffe dans le dernier tour, confirmant sa réputation de pilote très rapide mais aussi trop peu calculateur.
Après deux victoires de suite en Hongrie et en Belgique, Senna est quasiment assuré du titre. C’est encore et toujours à Suzuka que Senna devient mathématiquement champion du monde lorsque Mansell sort de la piste. Senna laisse alors la victoire à son équipier et ami Gerhard Berger, malchanceux depuis son arrivée chez McLaren.
Pour clore cette saison, il remporte une huitième victoire en Australie, course qui rentrera dans l’histoire comme étant la plus courte jamais disputée, quatorze tours couverts après presque vingt-cinq minutes.