1988 : La consécration
En 1988, la carrière de Senna prend une nouvelle dimension avec son arrivée, conjointe à celle de Honda, chez Mclaren. Cette arrivée marque le début de sa rivalité avec Alain Prost, son nouvel équipier. McLaren écrase le championnat du monde grâce à la McLaren MP4-4 en remportant quinze des seize courses de la saison pour la dernière sortie des moteurs turbocompressés. Ayrton porte à treize le nombre de pole positions décrochées en une saison établissant alors un nouveau record, battant les neuf pole positions de Ronnie Peterson en 1973, de Niki Lauda en 1974 et 1975 et de Nelson Piquet en 1984.
Seuls les onze meilleurs résultats comptent pour l’attribution du titre afin d’inciter les pilotes à chercher la victoire sans pénaliser outre mesure les casses mécaniques. Senna compte huit victoires et trois secondes places contre sept victoires et quatre secondes places pour Prost, ce qui lui permet de remporter son premier titre mondial malgré un nombre de points inférieur. Le Brésilien décroche le titre à Suzuka au Japon, lors de l’avant-dernière épreuve du championnat. Après avoir manqué de caler sur la grille, il entame une remontée et gagne la course.
1989 : La guerre psychologique
En 1989, Prost prend sa revanche sur Senna en lui ravissant le titre de champion du monde. Si 1988 était une saison d’entente cordiale et de respect mutuel entre les deux équipiers, 1989 est celle de la polémique.
Déjà, en 1988, Honda semblait favoriser le pilote brésilien au niveau de la qualité de préparation et de réglage de sa monoplace. Une manœuvre litigieuse de Senna lors du second tour du Grand Prix du Portugal, où Senna avait nettement tassé Prost contre le muret des stands, avait quelque peu entaché les rapports entre les deux hommes.
À l’issue du Grand Prix de Saint Marin, Prost accuse Senna de ne pas avoir respecté un pacte au départ : ne pas s’attaquer au premier virage afin de ne pas risquer un accrochage. Ron Dennis, le patron de McLaren, entreprend alors de réunir les deux hommes pour régler leur différend quelques jours plus tard à l’occasion d’une séance d’essais privés sur le tracé de Pembrey. Peu après, Prost confie à la presse française que, sermonné par Ron Dennis, Senna pleura lors de cette réunion. Cette révélation provoque la fureur du Brésilien qui justifie son action à Imola en considérant que le pacte de non-agression était prévu pour le premier départ du Grand Prix, et non pour le second donné suite au grave accident de Gerhard Berger au cinquième tour.
La guerre psychologique explose désormais au grand jour. Prost, depuis longtemps installé dans l’écurie, insiste sur le fait qu’il a lui-même donné son accord pour la venue de Senna et considère que la réputation du Brésilien est surfaite. Jouant de son influence, le pilote français veut montrer qu’il est le meilleur. Senna débauche alors l’homme d’affaires de Prost, Julian Jakobi, tandis que Prost se tourne alors vers la presse pour dénoncer un traitement de faveur pour son équipier et rival brésilien.
Moins rapide en qualifications, Prost préfère régler sa monoplace pour la course car il sait que Senna est prêt à tout pour décrocher la pole position. Cette vélocité du Brésilien lui attire non seulement les faveurs de Honda mais aussi celles du personnel de l’écurie McLaren. Si le débat perdure pour savoir à quel point les moteurs Honda de Senna étaient plus performants que ceux de Prost, les fiches techniques confirment que Prost a fait une bonne partie de la saison avec un châssis MP4/5 utilisé également en essais privés tandis que Senna bénéficiait d’un châssis réservé à la course.
Malgré sa rapidité, Senna connaît une saison malchanceuse, abandonnant à quatre reprises lors des huit premières courses de la saison, alors que Prost aligne les places sur le podium. À Monza, Senna bénéficie d’une évolution moteur mais celui-ci explose à quelques tours de l’arrivée et Prost remporte la course. Senna déclare alors ; « La victoire de Prost est un péché ».
Les rapports entre les deux hommes s’enveniment et aboutissent à l’accrochage du Grand Prix du Japon, avant-dernière épreuve de la saison. Qualifié en pole position, Senna se fait pourtant déborder par Prost au départ. Au quarante-septième tour, le Français résiste à une tentative de dépassement de Senna à l’entrée d’une chicane, ce qui provoque l’accrochage. Senna repart en court-circuitant cette chicane et remporte la course mais est disqualifié pour avoir été poussé par les commissaires et avoir court-circuité la chicane. Prost, suite à la disqualification de son rival, décroche son troisième titre mondial.
Cet accrochage porte à discussion car si Senna part de trop loin pour effectuer un dépassement régulier, Prost ferme quant à lui nettement la porte. Le pilote attaquant, Senna, écope d’une amende et d’une mise à l’épreuve quant au renouvellement de sa super-licence de pilote pour avoir critiqué la décision des commissaires. Selon Senna, cette disqualification est une manœuvre fomentée par le président de la FIA, le Français Jean-Marie Balestre, dans le but de favoriser la victoire en championnat du monde de son compatriote Prost. Senna déclare en effet à Adélaïde, cadre du dernier Grand Prix de la saison ; « What we see today is the true manipulation of the World Championship » (« Ce que nous voyons aujourd’hui est une vraie manipulation du Championnat du monde »